TGH. Muharrar Mahfuz lahir pada hari Jumat, 26 Rajab 1372 H/10 April 1953 M. Ayahnya bernama H. Mahfuz bin H. Mujtaba bin Mustajab; sedangkan ibundanya adalah Hj. Malihah binti H. Athar bin TGH. Mukhtar. TGH. Mukhtar adalah guru dari banyak Tuan Guru di Kediri dan Pulau Lombok.

Dari segi nasab TGH. Muharrar Mahfuz mempunyai hubungan kekeluargaan yang sangat dekat dengan mudir awwal TGH. Shafwan Hakim. Ibunda TGH. Shafwan Hakim, yaitu Hj. Chairiyah binti H.Mujtaba adalah adik kandung Ayahanda dari TGH. Muharrar Mahfuz, yaitu H. Mahfuz bin H. Mujtaba. Sedangkan isteri TGH. Shafwan Hakim, yaitu Hj. Raehan adalah adik kandung dari ibunda TGH.Muharrar Mahfuz, yaitu Hj. Malihah. Oleh karenanya, tidak mengherankan bila kedua mudir tersebut menjadi Tuan Guru kharismatik karena di samping kedalaman dan luasnya ilmu mereka, juga berasal dari keturunan Tuan Guru.

TGH. Muharrar Mahfuz adalah anak tertua dari tujuh bersaudara. Enam saudara kandung dan satu 
saudara tiri (lain ibu). Adapun saudara kandungnya, yaitu Hj. Hartinah (isteri ust. H. Farizal), Hj.Rohanah, Hj. Rauhun, H. Azwar, H. Saeful Ahkam. Sedangkan saudara tirinya, yaitu Mukminah (ibu dari Hj. Mukamilah, isteri TGH. Shafwan Hakim).

Di usia yang masih sangat muda, yaitu 19 tahun 8 bulan, TGH. Muharrar Mahfuz menikah dengan Hj. Martunah Kediri pada hari Rabu, 28 Dzulqa’dah 1392 H/3 Januari 1973 M. Dari isterinya, ia dikaruniai tujuh orang anak.

Sejak masih Sekolah Rakyat, Muharrar muda dikenal dengan kecerdasan dan ketekunan nya. Bahkan sudah mulai mengkaji berbagai kitab dasar saat duduk di kelas 4 sekolah rakyat. 

Ketekunannya dalam mengaji ia pelihara sampai berada di Jakarta saat kuliah di IAIN Syarif Hidayatullah. Selama dua tahun, ia mengaji di Islam Jamaah Lembaga Dewan Dakwah Islam Indonesia (LDII), di antara kitab yang dikaji adalah himpunan hadis-hadis, dan lainnya. Sepulang dari Jawa pada tahun 1974 sambil mengabdikan diri mengajar di Pondok Pesantren Nurul Hakim, ia tetap mengaji pada guru-guru sebelumnya dan ditambah lagi mengaji pada TGH. Musleh, TGH. Misbah, TGH. Munzir, dan lainnya. Adapun kitab yang dikaji, di antaranya adalah Syarah Dahlan, Syarah Alfiyah, Syekh Khalid, Mutammimah, Asymawi, Syarah Ibnu Aqil, Balagah, fikih, dan lainnya. Di samping itu pula, TGH. Muharrar Mahfuz aktif ikut di Majelis Mudzakarah yang dipimpin oleh TGH. Shafwan Hakim, TGH. Munzir, dan TGH. Musleh. Adapun kitab yang dikaji adalah Bugyatul Mustarsyidin, dan lainnya.

Ibarat dua sisi mata uang yang tidak terpisahkan. Dwi sula kepemimpinan yang mengantarkan Pondok Pesantren Nurul Hakim menggapai kemajuan. Kedua pimpinan itu adalah TGH. Shafwan Hakim dan TGH. Muharrar Mahfuz. Dua sosok pimpinan yang berjuang bersama membangun dan mengembangkan Pondok Pesantren Nurul Hakim sampai sekarang ini. Keduanya saling melengkapi dan tidak kenal pamrih dalam memberikan pendidikan dan pengajaran kepada santri dan ummat.

(Disadur dari buku Setengah abad Nurul Hakim)